临床主要用于治疗失眠、抑郁症、焦虑症、阳痿早泄等病症。
1.失眠：用黄连阿胶汤加减治疗顽固性失眠64例，所有患者均经脑电图检查排除器质性病变。结果：失眠症状消失，能够安然入睡，观察1年以上无复发者56例；睡眠质量、时间均有明显改善，观察1年有不同程度反复者6例；连续用药2个疗程以上，临床症状未见明显改善者2例，总有效率97%。(《国医论坛》1999年第3期)
2.抑郁症：以本方加减治疗抑郁症38例，疗程为2～6个月。结果：抑郁症消失，完全恢复正常工作及生活，随访2年未再复发者19例；抑郁症消失，但有反复，经服药后很快好转者16例；症状不缓觯者3例，总有效率为92%。(《时珍国医国药》2000年第1期)
3.焦虑症：黄连阿胶汤加味治疗脑卒中后阴虚火旺、心肾不交型焦虑症36例，以抗焦虑西药作对照。两组疗效总有效率分别为88.9%、85.7%；两组不良反应比较：治疗组嗜睡、乏力、头晕、口干、胃肠道症状、药物依赖性等不良反应均显著少于对照组。(《陕西中医》2007年第2期)
4.阳痿早泄：用黄连阿胶汤加减治疗阳痿早泄80例。治疗时间最短14日，最长60日，平均28日。结果：临床症状消失，6个月以上未复发者36例；临床症状改善，3个月以内未复发者40例；临床症状无改善者4例，总有效率95%。(《浙江中医杂志》1994年第7期)
方解 临床常用于阴虚火旺、心肾不交诸证。黄连、阿胶滋阴降火；黄芩、白芍清热降火、养血敛阴；鸡子黄养心和中。诸药配伍，共奏泻火滋水，交通心肾之功。临床应用中，气虚者，加党参、黄芪；血虚者，加当归、熟地黄；肝郁者，加柴胡、白芍；肝阳上亢者，加钩藤、生龙骨、生牡蛎。阳虚火衰之悸烦不眠者禁用。
现代研究 临床报道黄连阿胶汤可治疗慢性口疮、口腔扁平苔藓、神经性晕厥、慢性疲劳综合征、口干综合征、眩晕、脏躁、头痛、牙痛、手足心发热症等属于阴虚火旺、心肾不交者。实验研究表明，本方具有抗焦虑、安神、减轻肾小管和肾小管间质损伤、降低顺铂肾毒性、减轻炎症反应等作用。
方歌 黄连阿胶鸡子黄，黄芩芍药不可忘，滋阴泻火清虚热，交通心肾效力彰。